作为主要都是投资于二级市场且都有可查证业绩的基金，阳光私募基金与公募基金相比在很多方面都有着显著差异，尤其体现在如下几个方面：

1）两者的盈利模式完全不同。公募基金根据所管理的基金规模提取管理费；阳光私募则主要依靠超额收益的业绩提成。这也决定了，对阳光私募来说，业绩是报酬的基础，必须追求稳定的，正的绝对收益，才能获得生存和发展；

2）在投资对象和范围上，阳光私募具有更大的灵活性。公募基金必须在相关法律法规允许的框架内设立和运作，在投资品种、投资比例、投资于基金类型的匹配上有严格的限制，比如在任何市场条件下的最低持仓都不得低于60%。而阳光私募的投资限制完全由协议约定，管理人可以在协议约定的范围内根据市场状况和自己的分析判断决定是否投资、投资比例等，更加灵活地应对市场变动；

3）产品的设立方式和信息披露要求不同。公募基金对产品设立和信息披露有着严格的限定和要求。但阳光私募的设立受法律限制较少，对信息披露的要求相对较低，可以与特定投资者私下约定信息披露的要求、时间、方式等，具有较强的保密性。